Баскетбольная команда «Зенит» была образована летом 2014 года, став департаментом в структуре одноимённого футбольного клуба . Костяк команды и тренерского штаба составили представляющие в предыдущем сезоне «Триумф» игроки и тренеры. Кроме того, «Зениту» от подмосковного клуба перешли права на участия в Единой лиге ВТБ 2014/2015 и Еврокубке 2014/2015 .

Несмотря на то, что окончательный состав команды стал известен только в последний момент, «Зенит» уже в первом сезоне занял 4 место в регулярном сезоне Единой лиги ВТБ , а в 1/4 финала уступил «Нижнему Новгороду» по итогам пяти матчей, заняв таким образом 5 место. В Еврокубке команда преодолела две групповых стадии, но в 1/8 финала уступила «Химкам» .

В межсезонье 2015 состав команды обновился более чем наполовину. Начало сезона команда начала с 11-матчевой победной серии (6 побед в Единой лиге ВТБ и 5 побед в Еврокубке), но далее последовали травмы капитана и одного из лидеров команды , из-за чего сине-бело-голубые потеряли лидирующую позицию в лиге. В феврале «Зенит» принял участие в первом в своей истории финале четырёх кубка России , где уступили в финале, став обладателями серебряных наград. В Еврокубке соперником «Зенита» в плей-офф стал ещё один российский клуб «Нижний Новгород ». Первая игра игралась через два дня после финала кубка России и была проиграла сине-бело-голубыми с разницей «-26». В ответной встрече были предприняты попытки отыграть отставание, но полностью отыграть этот разрыв подопечным Василия Карасёва не удалось, и «Зенит» второй сезон подряд закончил своё выступление в Еврокубке на стадии 1/8 финала. Завершение регулярного сезона в лиге прошло для сине-бело-голубых более успешно, и им удалось вернуть себе третью строчку в турнирной таблице, согласно которой соперником в первом раунде плей-офф стал «Автодор ». С Саратовским клубом серия закончилась со счётом 3:0 в пользу команды из Санкт-Петербурга . Полуфинальная серия с УНИКСом , как оказалось позже, определяла будущего участника Евролиги . Судьба серии решилась в последней игре, в которой «Зенит» уступил и впервые в своей истории стал бронзовым призёром Единой лиги ВТБ.

В межсезонье 2016 клуб усилился игравшим в НБА 22-летним атакующим защитником Сергеем Карасёвым и сербским разыгрывающим Стефаном Марковичем , сохранив при этом лидеров команды прошлого сезона . Однако клубу не удалось продвинуться далее 1/4 Еврокубка, а в Единой Лиге ВТБ-2016/17 команда проиграла «Химкам» в полуфинальной серии (2-3), ведя по ходу серии 2-0, тем самым не попав в Евролигу на сезон 2017/18. Клуб в связи с этим покинули её лидеры-иностранцы: Янис Тимма , Райан Тулсон , Аарон Уайт , Кайл Лэндри и Стефан Маркович .

В начале июля 2017 года, решением совета директоров баскетбольный департамент ФК «Зенит» преобразован в отдельное юридическое лицо ООО «Баскетбольный клуб «Зенит», которое стало дочерним обществом АО «ФК «Зенит». Генеральным директором баскетбольного клуба стал Игорь Оноков, спортивным директором назначен Андрей Спиридонов, Ольга Антонова стала советником председателя правления «Зенита» по баскетболу - оба функционера работали с командной и тренерским штабом Василия Карасева с момента основания баскетбольного «Зенита». Основной командой «Зенита» продолжил управлять главный тренер Василий Карасев .

В 2017 году был образован фарм-клуб «Зенит-Фарм», который выступал в Суперлиге-1 . Летом 2019 года клуб был переименован в «Зенит-2» и будет играть в Суперлиге-2. Эта команда будет скомплектована из молодых игроков, которые по регламенту имеют право выступать в Единой молодежной лиге ВТБ и баскетболистов, которые при необходимости будут задействованы в основной команде.

Перед началом сезона-2017/18 команду пополнил ряд иностранных игроков: Марко Симонович , Джален Рейнольдс , Филип Скрабб, Джеррод Ютофф, Шон Арманд. Однако команда показывала не очень уверенную игру и зимой 2018 года Василий Карасёв был уволен. Ему на смену пришлё Жоан Плаза , однако клуб не смог пройти дальше Топ-16 Еврокубка и полуфинала Единой Лиги ВТБ.

В начале сезона-2019/20 стало известно, что «Зенит» примет участие в Евролиге в сезоне-2019/20, получив wildcard . Под участие в турнире был сильно обновлён состав - на этот раз команду покинули не только иностраные игроки, но и российский костяк, которые выступали за клуб несколько лет: Андрей Десятников, Евгений Валиев и Сергей Карасёв перешли в «Химки». Им на смену пришли опытные игроки из других команд Единой лиги ВТБ · Андрей Зубков («Химки»), Антон Понкрашов (УНИКС), Дмитрий Хвостов и [Матеуш Понитка (оба - «Локомотив-Кубань»); и ряд иностранцев - Алекс Ренфро, Колтон Айверсон и Тимоти Абромайтис.

Баскетбольная команда «Зенит» была образована летом 2014 года, став департаментом в структуре одноимённого футбольного клуба . Костяк команды и тренерского штаба составили представляющие в предыдущем сезоне «Триумф» игроки и тренеры. Кроме того, «Зениту» от подмосковного клуба перешли права на участия в Единой лиге ВТБ 2014/2015 и Еврокубке 2014/2015 .

Несмотря на то, что окончательный состав команды стал известен только в последний момент, «Зенит» уже в первом сезоне занял 4 место в регулярном сезоне Единой лиги ВТБ , а в 1/4 финала уступил «Нижнему Новгороду» по итогам пяти матчей, заняв таким образом 5 место. В Еврокубке команда преодолела две групповых стадии, но в 1/8 финала уступила «Химкам» .

В межсезонье 2015 состав команды обновился более чем наполовину. Начало сезона команда начала с 11-матчевой победной серии (6 побед в Единой лиге ВТБ и 5 побед в Еврокубке), но далее последовали травмы капитана и одного из лидеров команды , из-за чего сине-бело-голубые потеряли лидирующую позицию в лиге. В феврале «Зенит» принял участие в первом в своей истории финале четырёх кубка России , где уступили в финале, став обладателями серебряных наград. В Еврокубке соперником «Зенита» в плей-офф стал ещё один российский клуб «Нижний Новгород ». Первая игра игралась через два дня после финала кубка России и была проиграла сине-бело-голубыми с разницей «-26». В ответной встрече были предприняты попытки отыграть отставание, но полностью отыграть этот разрыв подопечным Василия Карасёва не удалось, и «Зенит» второй сезон подряд закончил своё выступление в Еврокубке на стадии 1/8 финала. Завершение регулярного сезона в лиге прошло для сине-бело-голубых более успешно, и им удалось вернуть себе третью строчку в турнирной таблице, согласно которой соперником в первом раунде плей-офф стал «Автодор ». С Саратовским клубом серия закончилась со счётом 3:0 в пользу команды из Санкт-Петербурга . Полуфинальная серия с УНИКСом , как оказалось позже, определяла будущего участника Евролиги . Судьба серии решилась в последней игре, в которой «Зенит» уступил и впервые в своей истории стал бронзовым призёром Единой лиги ВТБ.

В межсезонье 2016 клуб усилился игравшим в НБА 22-летним атакующим защитником Сергеем Карасёвым и сербским разыгрывающим Стефаном Марковичем , сохранив при этом лидеров команды прошлого сезона . Однако клубу не удалось продвинуться далее 1/4 Еврокубка, а в Единой Лиге ВТБ-2016/17 команда проиграла «Химкам» в полуфинальной серии (2-3), ведя по ходу серии 2-0, тем самым не попав в Евролигу на сезон 2017/18. Клуб в связи с этим покинули её лидеры-иностранцы: Янис Тимма , Райан Тулсон , Аарон Уайт , Кайл Лэндри и Стефан Маркович .

В начале июля 2017 года, решением совета директоров баскетбольный департамент ФК «Зенит» преобразован в отдельное юридическое лицо ООО «Баскетбольный клуб «Зенит», которое стало дочерним обществом АО «ФК «Зенит». Генеральным директором баскетбольного клуба стал Игорь Оноков, спортивным директором назначен Андрей Спиридонов, Ольга Антонова стала советником председателя правления «Зенита» по баскетболу - оба функционера работали с командной и тренерским штабом Василия Карасева с момента основания баскетбольного «Зенита». Основной командой «Зенита» продолжил управлять главный тренер Василий Карасев .

В 2017 году был образован фарм-клуб «Зенит-Фарм», который выступал в Суперлиге-1 . Летом 2019 года клуб был переименован в «Зенит-2» и будет играть в Суперлиге-2. Эта команда будет скомплектована из молодых игроков, которые по регламенту имеют право выступать в Единой молодежной лиге ВТБ и баскетболистов, которые при необходимости будут задействованы в основной команде.

Перед началом сезона-2017/18 команду пополнил ряд иностранных игроков: Марко Симонович , Джален Рейнольдс , Филип Скрабб, Джеррод Ютофф, Шон Арманд. Однако команда показывала не очень уверенную игру и зимой 2018 года Василий Карасёв был уволен. Ему на смену пришлё Жоан Плаза , однако клуб не смог пройти дальше Топ-16 Еврокубка и полуфинала Единой Лиги ВТБ.

В начале сезона-2019/20 стало известно, что «Зенит» примет участие в Евролиге в сезоне-2019/20, получив wildcard . Под участие в турнире был сильно обновлён состав - на этот раз команду покинули не только иностраные игроки, но и российский костяк, которые выступали за клуб несколько лет: Андрей Десятников, Евгений Валиев и Сергей Карасёв перешли в «Химки». Им на смену пришли опытные игроки из других команд Единой лиги ВТБ · Андрей Зубков («Химки»), Антон Понкрашов (УНИКС), Дмитрий Хвостов и [Матеуш Понитка (оба - «Локомотив-Кубань»); и ряд иностранцев - Алекс Ренфро, Колтон Айверсон и Тимоти Абромайтис.